菌物分类系统是一个实时系统，全球大量的菌物学家每年都会发表数千个分类学单元名称，旧的系统在不断地进行调整，学者们必须能够随时查找到权威的分类新系统，便于在自己的出版物中进行正确的引用。

本菌物分类系统详细列出了2025年1月1日以前全球菌物学家们研究的广义菌物Myceteae的界、门、纲、目、科的分类系统，包括了真菌界Fungi、藻物界Chromista、原生动物界Protozoa等，共3界、29门、87纲、341目、1249科、16383属。

据不完全的统计：

真菌界Fungi物种被划分出了11门、59纲、291目、1120科、15555属。

藻物界Chromista分为5门、12纲、23目、43科、275属。

原生动物界Protozoa包括13门、16纲、27目、86科、553属。

2015年以来菌物分类系统中建立了大量的新分类单元，仅菌物界中的科级分类单元就增加了500多个，国内文献基本上没有进行系统的更新，对新的分类单元还处于不全面了解的状态。

本分类系统综合了Ainsworth & Bisby's Dictionary of the Fungi. 11th ed.、Index of Fungorun、Mycobank等经典书籍和官方网站的内容，也包括了一些最新的重要研究文献，时间节点是2025年1月1日以前的所有已经发表的属和属以上的分类单元名称。 最新的中文出版物还仍然在使用很多陈旧的、古老的、错误拼写的分类学名词，希望菌物学的学生、读者、作者、编辑们不要再使用。

很多最新的文献还在引用的被废弃的名词有：Aphylophorales非褶菌目，Ascomycotina子囊菌亚门，Ascomycetes子囊菌纲，Basidiomycetes担子菌纲，Basidiomycotina担子菌亚门，Deuteromycota半知菌门，Deuteromycotina半知菌亚门，Discimycetes盘菌纲，Eumycota真菌门，Entorrhizomycota根肿黑粉菌门，Gasteromycetes腹菌纲，Heterobasidiomycetes异担子菌纲，Holobasidiomycetidae无隔担子菌亚纲，Hymenomycetes层菌纲，Oomycota卵菌门，Oomycetes卵菌纲，Pezizomycota盘菌门，等等。粉褶菌科的正确名称Entolomataceae，Rhodophyllaceae已经被废弃。

错误拼写的单词：Basidaiomycetes担子菌纲，Basidiomycetes担子菌门，Basidiomycoting担子菌亚门，真菌门Eumycofa，Eumycetes真菌门，Tricholomatacete口蘑科。

中文文献中有大量类似的错误：茯苓Wolfiporia hoelen (Fr.) Y.C. Dai & V. Papp，属于拟层孔菌科Fomitopsidaceae，被错误写成硫黄菌科Laetiporaceae。竹荪属的很多常见物种早已经被修订为Phallus属，但是有专著被全部写成Dictyophora属。